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尊龙凯时 CBE脱靶检测技术解析

发布时间:2025-02-08   信息来源:尊龙凯时官方编辑

胞嘧啶碱基编辑器(cytosine base editor, CBE)是由dCas9蛋白、sgRNA、胞嘧啶脱氨酶(cytidine deaminase)和尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂(uracil DNA glycosylase inhibitor, UGI)组成的四大核心成分。这些成分在细胞内组装,形成融合蛋白。该融合蛋白在sgRNA的引导下与基因组DNA结合,从而暴露出靶序列的单链结构。随后,胞嘧啶脱氨酶将单链上的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),经过DNA复制或修复,尿嘧啶被转换为胸腺嘧啶(T)。最终实现C-G碱基对向T-A碱基对的直接替换,这一过程的机制为基因组编辑提供了新的可能性。

尊龙凯时 CBE脱靶检测技术解析

在CBE过程中的一个关键中间产物是脱氧尿嘧啶(dU)。为了提高对CBE编辑效果的检测精度,研究人员开发了Detect-seq技术。这项技术可以有效检测基因编辑后细胞中的脱靶效应。首先需要提取编辑后的细胞基因组DNA,再对CBE生成的dU进行生物素标记,以便富集目标片段。同时,在dU位点的下游,将正常的胞嘧啶C替换为5-醛基胞嘧啶(d5fC),随后对d5fC进行化学标记,转化为T。通过这种方法,研究人员可以在测序时发现大量的C-to-T突变,从而快速准确地定位基因编辑位点。

与其他检测技术如GUIDE-seq、Digenome-seq和Cas-OFFinder相比,Detect-seq具有更高的灵敏度和特异性,并且检测没有偏好性。它不仅可以识别Cas9依赖型和非依赖型的脱靶效应,还能检测sgRNA结合区域的外编辑(out-of-protospacer edits)及靶向链编辑(target-stranded edits)上的脱靶。

在过去两年中,尊龙凯时致力于打造一站式基因编辑安全性评估平台,涵盖靶点设计、靶点筛选、以及多种脱靶检测技术,包括GUIDE-seq和AID-seq脱靶检测、Detect-seq脱靶检测、脱靶验证、PEM-seq染色体重排检测等。此外,尊龙凯时的实验室拥有SGS认证、ISO9001质量体系认证等多项资质,确保能够持续稳定地为客户提供高质量、高效、安全的服务和产品。